Purnanya pembangunan gedung beserta keseluruhan fasilitas pendukungnya telah menjadikan Taman Pintar Yogyakarta kini semakin lengkap dalam menyajikan sarana pembelajaran berbasis sains dan teknologi yang bersifat interaktif untuk mendukung kurikulum pendidikan di Indonesia. Penambahan zona beserta alat-alat peraga pendidikan baru yang terdapat di Gedung Kotak Lantai II saat ini sudah dapat dinikmati oleh pengunjung. Zona-zona baru tersebut berisi: Zona Indonesiaku, terdapat antara lain Replika Borobudur, Gamelan Elektronik dan Pembuatan Batik; Zona Jembatan Sains, terdapat antara lain Bayangan Berwarna, Gaya Tak Tampak dan Sumur Gravitasi; Teknologi Modern menampilkan antara lain Otomotif dan Pesawat; Teknologi Populer menampilkan antara lain Hologram dan Robotik, juga terdapat Perpustakaan. Pengunjung juga dapat mengunjungi Tapak Presiden di area Playground dan Gedung Memorabilia yang terletak bersebelahan dengan Gedung Oval yang berisikan antara lain tentang sejarah Karaton Ngayogyakarta, Pura Pakualaman, Tokoh Pendidikan Nasional dan otobiografi Presiden-Presiden RI.

Sejalan dengan penambahan zona, alat peraga serta program yang dirancang khusus untuk memancing keingintahuan dan memicu kreativitas generasi muda dalam mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi ini, Taman Pintar akan memberlakukan tarif masuk yang baru mulai tanggal 25 Desember 2008, yang didasarkan pada Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 42 Tahun 2008 tentang Perubahan Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 32 Tahun 2007 tentang Besaran Tarif Masuk Per Zona di Taman Pintar Kota Yogyakarta.

Adapun tarif masuk yang baru untuk kunjungan Gedung Heritage (PAUD) Barat dan Gedung Heritage (PAUD) Timur adalah masing-masing Rp 1.000,-, tarif masuk Gedung Oval dan Gedung Kotak Lantai II adalah Rp 5.000,- bagi anak-anak dan rombongan (siswa dan guru) dan Rp 10.000,- bagi dewasa. Sementara untuk Gedung Memorabilia adalah Rp 1.000,- untuk anak-anak dan rombongan (siswa dan guru) serta Rp 2.000,- untuk dewasa.